Nachdem die erste Phase der Deportationen aus dem »Reich« und dem »Protektorat« nach Minsk im November 1941 ihren Abschluss gefunden hatte, trafen zwischen Mai und Oktober 1942 insgesamt 16 Züge mit mehr als 15.000 Menschen aus Wien, Königsberg, Theresienstadt und Köln in Minsk ein. Entsprechend einer Anordnung des Chefs der Sicherheitspolizei und des SD Reinhard Heydrich wurden die Deportationsopfer sofort nach ihrer Ankunft ermordet. Als Exekutionsstätte wurde ein Kiefernwäldchen in einigen Kilometern Entfernung vom Gut Maly Trostinec, einer ehemaligen Kolchose, ausgewählt.

Der Ablauf der Exekutionen folgte einem gleich bleibenden Schema, wobei in der Regel einschließlich der Schutzpolizisten und Waffen-SS-Angehörigen 80 bis 100 Mann zum Einsatz kamen. Nach der Ankunft der Züge auf dem Güterbahnhof in Minsk, die meist zwischen 4.00 und 7.00 Uhr früh erfolgte, sorgte eine Gruppe der Dienststelle des KdS für die Ausladung der neu eingetroffenen Menschen und ihres Gepäcks. Daraufhin wurden die Ankömmlinge zu einem nahe gelegenen Sammelplatz getrieben, wo eine andere Gruppe der Dienststelle des KdS damit befasst war, den Juden alle Geld- und Wertsachen abzunehmen. Auf diesem Sammelplatz wurden schließlich auch von Dienststellenangehörigen jene wenigen Personen – pro Transport zwischen 20 und 50 – selektiert, die zum Zwangsarbeitseinsatz auf dem Gut Maly Trostinec geeignet schienen. Von einer am Rande des Sammelplatzes gelegenen Beladestelle wurden die Deportierten schließlich auf Lastkraftwagen zu den etwa 18 km entfernt liegenden Gruben gefahren. Diese Vorgangsweise blieb für die ersten acht Transporte unverändert. Ab August 1942 wurden die Züge über ein Stichgleis bis in die unmittelbare Nähe des Gutes geleitet, wo nunmehr Entladung und Selektion stattfanden.

Die Deportierten der ersten Transporte wurden an den Gruben erschossen. Etwa ab Anfang Juni 1942 wurden auch drei »Gaswagen« eingesetzt.

Von den insgesamt etwa 9.000 nach Maly Trostinec deportierten österreichischen Juden sind 17 Überlebende bekannt.